Το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης, λειτουργεί από το 1989 και απέκτησε αυτοδύναμη διοικητική υπόσταση τον Οκτώβριο του 1996.
Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι η Συνέλευση, η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης (ΓΣΕΣ) και ο Πρόεδρος.
Η Συνέλευση καταρτίζει το πρόγραμμα προπτυχιακών σπουδών, παρακολουθεί την καλή εφαρμογή του, φροντίζει για τον εξοπλισμό και τα περιουσιακά στοιχεία του Τμήματος και επιλύει τα ακαδημαϊκά ή και διοικητικά θέματα που προκύπτουν.Η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης (ΓΣΕΣ) είναι αρμόδια να λαμβάνει αποφάσεις για όλα τα θέματα μεταπτυχιακών σπουδών του Τμήματος. Ο Πρόεδρος του Τμήματος είναι αρμόδιος να συγκαλεί τη Συνέλευση και τη ΓΣΕΣ, να μεριμνά για την εφαρμογή των αποφάσεων της Συνέλευσης.
Το ανώτατο όργανο του Τμήματος είναι η Συνέλευση στην οποία συμμετέχουν:
- όλα τα μέλη ΔΕΠ,
- ένας εκπρόσωπος των προπτυχιακών φοιτητών,
- ένας εκπρόσωπος των μεταπτυχιακών φοιτητών,
- ένας εκπρόσωπος των μελών ΕΤΕΠ του Τμήματος.